تقدم جامعة هليوبوليس العديد من الخدمات الطبية للطلبة والموظفين وأعضاء هيئة التدريس والجمهور كذلك من خلال مركزها الطبي بالدور الأرضي بكلية العلاج الطبيعي. تتنوع هذه الخدمات بين الطوارئ وعلاج الأسنان والعلاج الطبيعي إلى جانب نشر الوعي حول التغذية السليمة والرعاية الصحية والتدريب على الإسعافات الأولية و دعم الحياة الأساسي. عيادة الطواريء والأسنان تخدم الطلبة وأعضاء هيئة التدريس والموظفين أما عيادة العلاج الطبيعي فتخدم جميع هؤلاء بالاضافة إلى الجمهور أيضاً.

جميع الأقسام بالمركز مجهزة جيداً للتعامل مع جميع حالات الطوارئ ، و توجد سيارة إسعاف جاهزة لهذا الغرض. عيادة الطواريء متعاقدة مع مستشفى كبير في منطقة العبور القريبة من الحرم الجامعي لحالات المراجعة عند الضرورة. كما يؤمن  مركز سيكم الطبي الإمدادات الطبية للعيادة وسيارة الإسعاف ويشرف على الممرضين.

كما يتم إجراء فحص طبي لجميع طلاب جامعة هليوبوليس عند الالتحاق ويتم الاحتفاظ بملف بيانات صحية في العيادة للمتابعة اللاحقة.