أنشئت كلية الصيدلة بمقتضى القرار الوزارى ٢٩٠٥ لعام ٢٠١٢. وبدأت الدراسة بها فى العام الجامعى ٢٠١٢- ٢٠١٣، والكلية تعتبر من الكليات المتميزة ، حيث أنها أنشئت فى رحاب  مجموعة من شركات إنتاج الدواء التابعة لمجموعة المؤسسين. تعتمد العملية التعليمية على مبدأ التنمية المستدامة الذى تتبناه جامعة هليوبوليس. فالبرنامج الدراسى الذى تقدمه الكلية لطلابها يعتمد على مجموعة من المقررات الدراسية الحديثة، منها ما هو اجبارى على طلاب الكلية ، ومنها ما يمكن للطالب أن يختاره من بين مجموعة مقررات إختيارية، هذا بجانب مقررات متطلبات الجامعة التى يدرسها جميع طلاب الجامعة.